מתחים בין חרדים ושאינם חרדים בירושלים אינם דבר נדיר. שאלת צביון המרחב הציבורי והקצאת משאבי ציבור עולה שוב ושוב בהקשר זה. המרכז הבין-תרבותי עוסק כבר למעלה מעשור בנושא, ברמה העירונית וברמה השכונתית.
המרכז הפעיל ומפעיל לפי הצורך פורום עירוני ליחסי חרדים ושאינם חרדים, העוסק גם בנושאים תשתיתיים (כמו סוגית הדיור בעיר או צביון המרחב הציבורי) וגם בפתרון קונפליקטים שונים שעולים ומתפרצים. כך, המרכז היה הגורם המרכזי בתהליכי הגישור והדיאלוג בין הגורמים השונים בסוגיות מצעד הגאווה, חניון קרתא, "האם המרעיבה" ועוד.
ברמה השכונתית, המרכז מקיים תהליכי-עומק בשכונות לא חרדיות שבהן נמצא מיעוט חרדי, ויש צורך להגדיר את סוגיות צביון השכונה ואת כללי הפעולה במרחב הציבורי. בנוסף, לתהליכי העבודה המגוונים של המרכז בשכונות חרדיות יש השפעה גם על מערכת היחסים העירונית בין הקבוצות השונות בעיר.