המרכז הבין-תרבותי לירושלים נוסד במטרה לסייע לתושבי העיר, על זהויותיהם המגוונות, להיות שותפים פעילים ואחראים לגורל העיר ולבניית קהילותיהם. שני הכיוונים המשלימים שהמרכז הבין-תרבותי זיהה לקידום משימתו הם:

• כשירות תרבותית עירונית – עידוד ירושלים כעיר המספקת לכל תושביה שירותים איכותיים והוגנים המותאמים להם ולתרבותם, ושהמרחבים הציבוריים שבה מותאמים לאופי קבוצות אלו בצורה הוגנת ככל האפשר.
• שותפות קהילתית רב-תרבותית – מעורבות פעילה של כל הגורמים הקהילתיים, תושבים ואנשי מקצוע, בהשפעה על העיר והקהילות שבה.